W 919 osada został ufortyfikowana przez króla Henryk I Ptasznik. Arcybiskupstwo Magdeburg zostało założone w 968 na synodzie w Rawennie. W 1035 Magdeburg otrzymał patent nadający miastom prawo do handlu i zjazdów, co było podwaliną niemieckiego prawa miejskiego znanego prawem magdeburskim.
W 1524 Marcin Luter został powołany do Magdeburga, gdzie głosił swoje nauki. Interwencje cesarza Karola V, praw, nie przyniosły skutku, co więcej, miasto przyłączyło się do sojuszu w Torgau i związku szmalkaldzkiego. W konsekwencji czego podczas I wojny szmalkaldzkiej miasto zostało oblężone (1550-1551) przez Maurycego, elektora Saksonii, Dzięki odparciu najeźdźców miasto zachowało swoją niezależność. Na miejsce arcybiskupa powoływano administrację, w skład której wchodzili członkowie z dynastii protestanckich. W następnych latach Magdeburg zyskał renomę twierdzy protestantyzmu,
Wokół placu Wilhelma II
W okresie wojny trzydziestoletniej Magdeburg był zdominowany przez protestantów. Miasto stawiło opór w 1629 podczas oblężenia przez wojska katolickie. Po zdobyciu miasta żołnierze dokonali rzezi, w wyniku której zginęło ok. 20 000 mieszkańców, zaś majątki zostały złupione, a miasto spalone. W mieście ocalały tylko katedra, klasztor i Nowy Rynek[6]. Zgodnie z pokojem westfalskim (podpisanym w 1648), Magdeburg został przydzielony Brandenburgii-Prusom. Po śmierci ówczesnego administratora, Augusta von Sachsen-Weissenfels (1680) zostało siedzibą półautonomicznego księstwa Magdeburga.
Podczas rządów pruskich miasto zostało zamienione w cytadelę. W dobie wojen napoleońskich, twierdzę oblegały wojska francuskie w 1806. W 1807 na mocy pokoju w Tylży miasto weszło w skład Królestwa Westfalii. Po Kongresie Wiedeńskim Magdeburg został główną siedzibą prowincji Saksonia podporządkowanej Królestwu Prus.
W 1900 Magdeburg był jedenastym najludniejszym miastem Niemiec. W 1912 rozebrano starą twierdzę.
